據說，位于中央大廳北部的主庭院的設置是最讓貝聿銘煞費苦心的。主庭院東、南、西三面由新館建筑相圍，北面與拙政園相鄰，大約占新館面積的1/5空間。這是一座在古典園林元素基礎上精心打造出的創意山水園，由鋪滿鵝卵石的池塘、片石假山、直曲小橋、八角涼亭、竹林等組成，既不同于蘇州傳統園林，又不脫離中國人文氣息和神韻。山水園隔北墻直接銜接拙政園之補園，水景始于北墻西北角，仿佛由拙政園西引水而出；北墻之下為獨創的片石假山。當問及為何不采用傳統的太湖石時，貝聿銘曾說過，傳統假山藝術已無法超過。一輩子創新的大師，不愿步前人的后塵。這種“以壁為紙，以石為繪” ，別具一格的山水景觀，呈現出清晰的輪廓和剪影效果。使人看起來仿佛與旁邊的拙政園相連，新舊園景筆斷意連，巧妙地融為了一體。

　　這種在城市機理上的嵌合，還表現在東北街河北側1～2層商業建筑的設計，新館入口廣場和東北街河的貫通；親仁堂和張氏義莊整體移建后作為吳門畫派博物館與民族博物館區相融合，保留忠王府西側原張宅“小姐樓”(位于補園南、行政辦公區北端)作為飯店和茶樓用等；新址內惟一值得保留的挺拔玉蘭樹也經貝先生設計，恰到好處地置于前院東南角。

　　貝聿銘與蘇州博物館

　　上世紀70年代，隨著改革開放新時期的到來，在建筑界，一度被隔絕的西方建筑文化再次被納入了國人的視野。1979年，香山飯店就是在這樣的背景下出現的第一座由境外設計師設計的建筑，設計者就是世界著名建筑師、美籍華人貝聿銘。

　　85歲的貝老，祖籍正是蘇州，獅子林，原本就是他家的園林。他了解蘇州的歷史文化內涵，對故鄉也有一份難以割舍的親情。同時，幾十年來，貝老在世界各地也設計過諸多風貌各異的博物館建筑。對這一類的公共建筑，可謂得心應手。因此，請貝老來為蘇州博物館做設計，可謂是最好的選擇。

　　但是，在如此微妙的地點建一座現代化的博物館，對于任何一個設計師，都將是一次嚴峻的考驗，稍有不慎，就會成為千夫所指。但對85歲高齡的貝聿銘來說，這不僅是一次巨大的挑戰，同時也是他早在孩童時代就已種下的夢想。

　　一直以來，貝聿銘始終在探索，如何能夠使中國的傳統建筑與現代建筑對接，走一條既融合了傳統文化，又具有現代特征，不是簡單的仿古復古的新的路線。

　　考慮到蘇州作為一個文化古城，博物館不能夠太過沉重，不要粗重高大，而是要輕巧，靈便，精致，這樣才會和蘇州整體的風貌比較同意，但是又不能完全相像。

　　為此，貝聿銘為新館確定了一個叫做“中而新，蘇而新”的設計理念。以及被稱為“不高不大不突出”的設計原則。形態上，色彩的把握，和周圍建筑保持一致。在庭院的處理上，保留了很多和蘇州過去的園林相似的地方。但在反映園林文化的同時，但又并不是照搬過去的形式，而是將許多蘇州傳統的東西，通過一種新的方式來表達出來。

　　盡管從外觀上來看，園林式的蘇州博物館融合了蘇州園林和文化的神韻，但這并不意味著，在技術手段上，同樣延續蘇州的古老傳統。對于貝老而言，他的設計始終是以不斷創新而創造了世界建筑歷史上的一段又一段佳話，對傳統的尊重和延續，只是通過他設計的作品內在的特征而表達出來的。

　　在新館建筑的構造上，大量使用玻璃，和采用開放式鋼結構，現代的鋼結構替代了蘇州傳統建筑的木質材料，由幾何形態構成的坡頂，既傳承了蘇州城內古建筑縱橫交叉的斜坡屋頂，又突破了中國傳統建筑“大屋頂”在采光方面的束縛，充分體現了“讓光線來做設計”的理念。

　　此外，中央展廳頂部是以米字形鋼結構構成，完全沒有任何支撐，然而嵌在結構中的石材，每塊重達三四百公斤。這些都完全是通過現代的技術手段來實現的。

　　整個新館的建筑群在現代幾何造型中體現了錯落有致的江南特色，深灰色石材的屋面和墻體邊飾，和白墻相搭配，清新簡潔。

　　面對像拙政園、獅子林這樣的蘇州園林經典，不僅在建筑上超越是一種挑戰，而園藝上更是無法超越。貝聿銘認為，傳統園林的假山已經做到了極致，后人是無法超越的，為此，他則選擇了另辟蹊徑。以和拙政園相鄰的一面白墻為背景，在前面以石片作為假山。“以壁為紙，以石為繪”，在朦朧的江南煙雨籠罩中，將其喜愛的米芾山水畫加以立體呈現，遠遠望去就像連綿不絕的山巒將新館與拙政園相連。

　　如果說，當年香山飯店的建成在中國建筑界引起了巨大的轟動，同時它也為新時期我國建筑和室內設計工作者的創作起到了解放思想、開拓思路的作用。那么，蘇州博物館，則使蘇州民居風格和現代建筑和諧對接，融建筑于園林之中，化創新于傳統之間，使傳統與現實，東方古代文明和西方現代科技相輔相成協調相融。

　　對于貝老本人來說，創立一種屬于中國本土的建筑風格，香山飯店是一個開端，蘇州博物館則是一個漂亮的結局，他用自己的努力，實現著一個特殊的理想，為中國創造了一種新的建筑語言。