和歐洲大部分古老的植物園一樣，圣彼得堡植物園最初旨在培育藥用植物，并用于滿足圣彼得堡建筑工人和軍隊(duì)的需求。同時(shí)，按照彼得大帝的指示，園藝師們也承擔(dān)著搜集珍稀海外植物的任務(wù)。期初培育藥用植物時(shí)，主要精力都集中在了收集草本植物上，但是根據(jù)資料顯示，1736年這里的木本植物有近45種，這樣就為網(wǎng)羅室外土地里的木本植物奠定了基礎(chǔ)，使得圣彼得堡植物園的用途從興建之初就顯得相對(duì)廣泛。此后的200年間，樹(shù)木苗圃內(nèi)進(jìn)行了上千種世界各地的木本植物培育實(shí)驗(yàn)。最有趣的，最具觀賞性的，同時(shí)堅(jiān)韌的樹(shù)木和灌木都被種植在園中并得到精心的看管。園中木本植物的數(shù)量在不同年間有650種到1000種不等，種類和形態(tài)也各具特色。1823年，在藥用植物園基礎(chǔ)上又興建了皇家植物園，上百名經(jīng)驗(yàn)豐富的園藝師，風(fēng)景園林師及植物學(xué)家們將圣彼得堡植物園逐漸打造成為當(dāng)時(shí)世界上最宏偉的科研型植物園之一，成為沙皇俄國(guó)植物科學(xué)的中心。但由于選址在低洼的島嶼上，植物園不幸遭受多次水淹，部分物種損失。