館內(nèi)擁有28萬余件藏品，包括來自華東地區(qū)乃至全國及世界各地的自然界和人類歷史遺物，分別隸屬于植物、動物、古生物、地質(zhì)及人文五大類，其中植物標(biāo)本15萬余件，哺乳動物標(biāo)本4千余件，魚類、鳥類、兩棲爬行類各1萬余件，昆蟲標(biāo)本近3.3萬件，其他無脊椎標(biāo)本5萬余件，地質(zhì)標(biāo)本5千余件，古生物8千余件，人文民俗類3500余件。

　　除了實體場館之外，上海自然博物館還有一套以導(dǎo)覽和教育為主要功能的網(wǎng)上博物館應(yīng)用系統(tǒng)，包括網(wǎng)站、APP和微信三大應(yīng)用模塊。系統(tǒng)通過基于位置感知的漫游式WiFi定位，融合增強現(xiàn)實、交互體驗等新媒體技術(shù)開發(fā)的資源，向公眾提供實時智能導(dǎo)覽和教育服務(wù)。觀眾可以在展覽現(xiàn)場通過APP進(jìn)行實時學(xué)習(xí)，與專家進(jìn)行在線交流討論，設(shè)定主題參觀路線，根據(jù)任務(wù)尋找感興趣的化石標(biāo)本，并且可以在離開博物館后通過博物館網(wǎng)站查詢游覽記錄。系統(tǒng)支持PC、手機、PAD等多終端訪問，通過用戶UGC模式和專家PGC模式結(jié)合的方式，實現(xiàn)在線資源的自生長。