近年來，隨著工業化、城鎮化步伐加快，天然濕地面積逐年減少，濕地被污染、濕地生態系統被破壞的趨勢沒有根本遏制。主要問題有：一是灘涂圍墾與濕地保護矛盾突出，存在過度圍墾趨勢。二是隨意侵占、填埋濕地及破壞濕地生態的情況時有發生。三是水質污染嚴重，濕地功能退化。四是過度漁獵、棲息地減少，濕地生物多樣性下降。五是外來生物入侵，對濕地生態系統構成威脅。六是森林植被質量不高，水土流失比較嚴重。針對濕地保護的嚴峻形勢，建議：

　　一、加快國家層面的濕地立法工作。濕地保護應實行依法管理、依法行政。目前部分省、市根據本地實際自行制定的濕地保護地方性法規規章，無論從法律效力還是在管理成效上都不及國家層面的立法。

　　二、加快出臺濕地生態補償制度。濕地生態補償制度是以經濟措施為主，綜合運用財政、稅收、市場等手段，協調濕地生態系統利益關系的一種制度。長江流域在實施財政反哺濕地生態保護政策上可先行一步。

　　三、列入各級政府生態文明建設考核指標。充分發揮政府考核的導向作用，以保障濕地生態保護與經濟社會協調發展。通過深入調研和科學分析制定濕地保護考核評價體系，明確考核評價內容。