由于天然土壤中常帶有病菌孢子、害蟲蟲卵或活體以及雜草種子等，因此配制好的培養土需要進行消毒，以達到消滅病菌、祛蟲的目的。常用的消毒方法有以下幾種：

　　1、日光消毒法

　　將配制好的培養土在清潔的地面或木板等上面薄薄地鋪開，在烈日下曝曬2-3天。此方法可殺滅大量的病菌孢子、菌絲和害蟲蟲卵以及線蟲等。若是在夏天，這個方法效果會更好。嚴格意義上講的話，日光消毒不是很徹底，對于雜草種子起不到很好的滅活作用，但這也是最簡便易行的方法。

　　2、藥劑消毒法

　　這個方法對土壤的消毒殺菌作用也較為明顯，在以前的話常用的是含甲醛的福爾馬林，在每立方米的培養土中均勻撒上福爾馬林50倍稀釋液，然后把土堆積起來，蓋上塑料薄膜，密閉48小時后去掉覆蓋物并把土攤開，待福爾馬林氣體完全揮發后便可使用。

　　3、加熱消毒法

　　加熱的方法較多，有蒸煮、高壓加熱和蒸汽發生器蒸汽加熱等。加熱到80至100攝氏度，持續30至60分鐘，就可以達到完全消毒的目的。加熱時間不宜過長，否則會殺滅土壤中有益微生物，妨礙花卉的正常生長發育。蒸汽發生器能長時間連續產蒸汽，效率高，適用于花卉生產基地大批量培養土消毒，很大程度上提高工作效率，節省成本。